无论是对于一个或多个科研实验室的整体纯水系统，还是整栋实验大楼纯水系统，纯水系统设计、安装、调试和正常运行问题都需要生产厂家与用户及时沟通，这些也应该是厂家在进行纯水系统设计前要考虑的系列问题。
纯水系统需要考虑四大部分
一、纯水制备系统
纯水制备系统以自来水作为进水，制备足量符合实验室所需特定水质的纯水，是实验室整体纯水系统的起点。实验室每天纯水的用量有可能从几升到几千升不等。在设计之处首先应该考虑的是：确定每个用户和每台仪器每天的用水量和所需纯水的水质，以及用水规律。而后实验室超纯水机厂家便可以据此计算出整个实验室每天总的用水量以及高峰用水量。
实验室所需的纯水水质也可能各不相同。有可能是常用的二级水(分析级)，也有可能三级水(实验级)或者是满足特殊应用需求的一级水(超纯水)。纯水的制备也可以采用多种纯化技术，例如反渗透、离子交换、连续电去离子技术、蒸馏。
二、纯水储存系统
整体实验室纯水系统设计的第二个任务是精确评估纯水储存系统的储存量，纯水储存系统应该能够平衡纯水制备系统和实验室每天用水总量、高峰用水量之间的关系。每个实验室都有其用水规律，因此纯水储存系统不仅仅应该满足客户每天的用水量，还应满足实验室高峰用水的需求。
三、纯水分配系统
纯水分配系统的主要目的在于通过分配泵和纯水分配管路将纯水输送到每个用水点。为保证管路中纯水的流速和压力，实验室纯水设计人员应该精确计算管路系统和管路中设备所带来的压力损失，从而选择合适的分配泵。
为保证管路中纯水的水质，应该选择合适的管道材料和管道连接方法。同时还应采用循环管路设计和并使用适当的阀门，从而使得管路中纯水能够以适当的流速循环，抑制微生物的滋生并避免发热。
纯水分配系统阶段的水质监控是非常重要的。因为管路中的水质才是我们从各个用水点得到的，最后用于实验的纯水的真实水质。因此有必要采用电导率测试仪和总有机碳测试仪对管路中的水质进行实时监控。
四、纯水系统
实验室纯水厂家会根据用户用水的用途以及当地水质差异而做出具体设计，一般而言纯水能够满足科研实验室用水要求，根据纯水用量和用途做出纯水处理方法进而确定合适纯水系统。