脱盐率是通过膜从设备进水中去除可溶性杂质浓度的百分比。脱盐率＝(1－产水含盐量/进水含盐量)×100%。反渗透膜元件的脱盐率在其制造成形时就已确定，脱盐率的高与低取决于反渗透膜元件表面超薄脱盐层的致密度，脱盐层越致密那么它的脱盐率就越高，同时产水量越低。反渗透对不同物质的脱除率主要由物质的结构和分子量所决定，进口反渗透膜元件对高价离及其复杂单价离子的脱除率可以超过99%，对单价离子如：钠离子、钾离子、氯离子的脱除率稍低，但也超过了98%；对分子量大于100的有机物脱除率也可达到98%。
影响反渗透脱盐率的因素有：
◆离子价数：脱盐率是随着离子价数的增加而提高的，二价、三价盐的脱盐率也要高于单价盐；
◆分子大小：脱盐率随分子直径的增加而提高；
◆原水温度：原水温度升高时，由于水的粘度降低脱盐率提高；
◆原水浓度：原水浓度提高时，脱盐率下降；
◆工作压力：工作压力提高时，脱盐率有所提高但不明显；
◆ph值：酸性条件下虽然膜不容易堵塞，但脱盐率要有所下降；
◆溶解气体：可溶解性气体在游离状态下容易渗透而不脱除co2、so2、o2、cl2、h2s等；
◆氢键趋势：对于含有强氢键的化合物，脱除率很低，如水、酚和氨等；（也正因此才实现脱除水中杂质和溶解物而达到
◆与其他物质分离的目的；
◆有机物质：水中的有机物对膜有污染作用，有机物越多膜的性能越易变坏；
◆水的硬度：水的硬度越高膜越容易堵塞，对于高硬度水应先软化处理，降低硬度再进反渗透；
◆固体颗粒：固体颗粒对膜的危害极大，必须进行预处理；
◆微生物：水中的微生物、细菌对膜有危害，必须进行预处理（本公司采用超率膜进行处理，在国内处于先进水平）；
◆氧化物：金属氧化物进入反渗透不能进行自行清除，应定期化学药物清除。