反渗透膜系统对盐的整体脱除率，它受到温度、离子种类、回收率、膜种类以及其他各种设计因素的影响，因而不同的反渗透系统的系统脱盐率是不一样的，其计算公式为(总的给水含盐量-总的产水含盐量)系统脱盐率= ×100%总的给水含盐量。
有时出于方便的原因，也可以用下列公式来近似估算系统脱盐率(总的给水电导率-总的产水电导率)系统脱盐率= ×100%总的给水电导率。
以此近似估算得到的系统脱盐率往往低于实际系统脱盐率，因而经常在反渗透系统验收时引起争议。